海關艦艇的歷史悠久，清同治元年（1862年）第一任英籍總稅務司李泰國(Horatio Nelson Lay)返英治病時，受清廷之託購得5艘炮船成立艦隊，史稱阿思本艦隊(Sherard Osborn)開始，期間歷經風雨政權更迭，但海關艦隊始終為我中流砥柱。民國38年(1949年)海關總稅務司署隨政府遷臺，篳路藍縷，從無到有，海關艦隊日漸茁壯，有關巡緝艦艇的管理權責亦多有遞嬗，迨至89年為統一海岸巡防事權成立海岸巡防署，海關所有的8艘及建造中的4艘中、大型巡緝艦奉命移撥海洋巡防總局成立北、中、南3個機動海巡隊，因分工結果海關法定24海浬巡緝範圍不變，惟主要在通商口岸（港區、錨地及其臨近水域）執行。102年元旦復又配合行政院組織改造改制為關務署，原負責艦艇建案規劃、監造維修的海務處亦隨助航業務移撥至交通部航港局。

臺灣四面環海，狹長的海岸線長達1560餘公里，灘淺岩多，海道艱險，早期除少數由民間自行設置之簡陋油燈專供當地漁、帆船使用外，並無一般船舶適用之燈塔，指引船舶安全航行，致使來往我國海域之船隻，視為畏途。

清乾隆43年（1778年），滿清政府在澎湖外垵西海口岸砌築七級石塔，夜燃油燈，作為臺灣與廈門之間船隻航行標識，這座石塔即為臺灣燈塔之濫觴。清同治初年，海關前總稅務司赫德有鑑於此，乃呈准授權海關，仿照歐西新法於我國沿海及江河各處建設燈塔等助航設備，以利航行，進而發展貿易，增裕稅收。

清同治7年(1868年)海關成立海務科，由海務稅務司專責燈塔等航路標識的建設與維護，於是海關成為我國燈塔的管理單位，也是世界上唯一由海關管理燈塔的國家，直至民國102年(2013年)1月1日配合政府組職改造，乃移撥交通部航港局轄管。

臺灣燈塔之建置，始於清朝府，並先後籌設有漁翁島、鵝鑾鼻、高雄、安平、淡水等5座，金門地區則有東椗島、北椗島等2座，馬祖地區有東莒島、烏坵嶼、東引島等3座；日治時代，除整修高雄、安平燈塔外，陸續增設鼻頭角、富貴角、白沙岬、基隆、目斗嶼、彭佳嶼、花蓮港、東吉嶼、查母嶼、塭港堆、蘇澳、琉球嶼、奇萊鼻、三貂角、花嶼、七美嶼、綠島等17座燈塔。

二次世界大戰期間，遭盟軍飛機轟炸，大部分燈塔嚴重損壞，海關奉命於民國35年(1946年)接收管理臺灣之燈塔，隨即積極進行整修。至民國36年(1947年)，臺澎地區沿海燈塔及燈杆均全面恢復正常放光作業，而後更逐步有計劃的擴建與改進。目前臺澎金馬地區之燈塔及其他助航設備計有燈塔35座、燈杆44座及雷達標杆14座，合計93座。近年來，隨著科技的進步，燈塔除朝自動化、科技化方向努力外，也逐漸開放給民眾參觀，除發揮了燈塔多元之功能與價值外，進而促進地方觀光產業之發展。