民國39年
位於鄭州路的海關總稅務司署

我國關務業務發展歷史久遠，從清咸豐4年(1854年)建制迄今已逾160餘年，由於清初實施海禁政策，大部分貿易活動僅限於廣州、澳門，西元1684年開放廣州、福州、寧波、上海等四口海關，首長稱為海關監督，清道光22年(1842年)清廷因鴉片戰爭戰敗簽訂南京條約，被迫開放五口通商，打破中國原有閉關政策，清道光22年(1843年)與外國簽訂片面稅則協定，導致喪失關稅自主權，清咸豐4年(1854年)江海關由英、美、法共管，中國始有新式海關典章制度，大多師法於英國，清咸豐8年(1858年)於天津條約簽訂後，清政府大量任用以英人為主之外籍人士主管關務行政，海關管理權遂由英人獨攬，清咸豐8年(1859年)英人李國泰被任命為總稅務司，清同治3年(1864年)另明定得任用外國菁英共同為海關效力，雖大權旁落，然關務行政在外國擘劃下，成為中國所有行政機關中最有效率、最清廉，待遇最好的機關。早期的海關不僅於財政、經濟方面有卓越的貢獻，亦參與教育、郵政、海軍建軍、港務、郵政、燈塔、氣象、外交、實業及傳播新知識等運動。

民國80年2月1日
海關總稅務司署更名為財政部關稅總局

民國成立(1911年)，沿用總稅務司之名，至民國14年(1925年)組織始改稱海關總稅務司署，隸屬於財政部。民國18年2月實施國家稅則，完成關稅自主。民國38年(1949年)12月政府遷臺，在臺北成立海關總稅務司署。海關總稅務司署後於民國80年(1991年)2月1日修正公布「財政部關稅總局組織條例」、「關務人員人事條例」、「財政部關稅總局各地區關稅局組織通則」等三項法案，海關組織及人事制度正式法制化。「海關總稅務司署」更名為「財政部關稅總局」。

民國102年1月2日
財政部關稅總局因組改更名為財政部關務署

民國16年(1927年)財政部內設關稅處，後改稱關務署，民國71年(1982年)關務署改制為關政司，關政司為財政部幕僚單位，掌理關稅政策擬訂、稅則修正、國際談判等事務；關稅總局下設基隆、臺北、臺中、高雄等4關稅局，負責關稅稽徵、查緝走私及執行邊境管制等把守國家大門之任務，二者相輔相成。

嗣民國102年(2013年)1月1日配合行政院組織調整，關稅總局與財政部關政司整併成立財政部關務署，為辦理全國關務業務機關，負責關務政策之規劃、推動、督導及關務法規之擬訂與關務業務之執行等業務，另於基隆港、臺灣桃園國際機場、臺中港及高雄港，分別設立基隆關、臺北關、臺中關、高雄關等4個關至今。