關稅稽徵為海關最重要之職掌。舊制海關關稅與內地稅併徵，新制海關在通商口岸成立後接管了進口稅(自海關創始即行徵收，從未間斷)、出口稅[自海關創始即行徵收，民國35年(1946年)9月7日停徵]及船舶噸稅(自海關創始即行徵收，從未間斷，現稱助航服務費)三種稅目的徵收權，但因當時國內流通的貨物均有厘金之徵課，外國船舶載運土貨至通商口岸銷售亦由海關徵收復進口稅，其他如子口稅、常關稅及各式附加稅等，在海關由外人主政的時代，海關徵收的稅目既多且雜。

鴉片戰爭後簽訂南京條約，開放五口通商並制定協定稅則，從道光23年(1843年)至民國17年(1928年)中國被迫徵收世界上最低的關稅。民國16年(1927年)國民政府建都南京，民國17年(1928年)12月制定公布國定進口稅則，並自民國18年(1929年)2月1日起實施，自此我國正式步入關稅自主的時代。

早期貨物之進出口通關應辦手續，可分為報關、驗貨及估價、完稅、放行等手續。進口貨物須填具「洋貨進口報單」，出口貨物須填具「土貨出口報單」，經海關收受書面報單及相關證明文件，派員查驗貨物無訛，繳納稅費後，憑海關印信放行單提領貨物。本區所展示的主要內容為海關各時期通關所使用的文物，以彰顯海關辦理進出口貨物通關等作業，在簡化通關流程、縮短通關時間、提升效率方面所做的努力成果。

因應我國經貿蓬勃發展，民國79年至83年期間積極推動「貨物通關全面自動化方案」，整合各通關單位及業者之作業需求，進行文件標準化及流程合理化，並導入電子資料交換(EDI)作業機制，透過網路連線交換通關訊息，使我國通關作業邁入了全面自動化時代。民國91年(2002年)起，建置通關電子閘門、網際網路線上報關及行動通關等通關系統，提供商民多元、便捷及全年無休之通關服務環境。

近年來為與WCO SAFE架構接軌，配合民國98年(2009年)行政院優質經貿網絡計畫，積極推動關港貿單一窗口、預報貨物資訊、優質企業(AEO)認證及管理機制、貨物移動安全及查驗技術現代化等5項子計畫，啟動通關自動化再造作業，營造與世界接軌之通關環境，提升我國整體經貿競爭力。

展望未來，海關將秉持服務、便捷、安全、廉能的精神，運用新思維及新科技。

推動各項關務創新作為，藉助現代化與智慧化關務管理，平衡貿易便捷與邊境管制，並持續提升關員素質，提供高品質之專業服務，此外，積極參與國際事務，深化與各國海關合作，期使我國關務制度更趨完備、通關環境益臻完善。